mergeの癖

masterを作業用ブランチにrebaseしたら作業用コミットがrebase後のコミットに書き換えられてしまい、違うリポにcloneしてあったブランチにpushできなくなった。

作業用ブランチを一度pullしてからならpushできたのだけど同じ内容のコミットがマージ履歴として二つログに残ってしまった。これでいいのか?
何か自分のやり方が間違ってる気がするけど…。